Amacı Üniversitelerimizin akademik kadrolarını oluşturacak akademisyenler yetiştirmek olan Bayburt Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitümüz 2809 sayılı Yükseköğretim Kurumları Teşkilâtı Kanununda değişiklik yapan ve 31/05/2008 tarihli 26892 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 5765 Sayılı “Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanununda ve Yükseköğretim Kurumları Öğretim Elemanlarının Kadroları Hakkında Kanun Hükmünde Kararname İle Genel Kadro ve Usulü Hakkında Kanun Hükmünde Kararnameye Ekli Cetvellerde Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun” ile Kurulmuştur.

Yüksek Öğretim Kurulunun Enstitümüz bünyesinde Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı, Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı, İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı ve İlköğretim Ana Bilim Dalı Fen Bilgisi Eğitimi Programlarının açılması kararına istinaden Enstitümüz Yüksek Lisans Eğitimine başlanmış olup; nitelikli akademisyenler yetiştirme yolunda emin adımlarla ilerlemektedir.