05/07/2019 tarih ve 30822 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan Cumhurbaşkanı Kararı ile Bayburt Üniversitesi Sosyal Bilimler ve Fen Bilimleri Enstitüleri ‘Lisansüstü Eğitim Enstitüsü’ olarak birleştirildi. Bu anlamda bölgede ilkler arasında yer alan Bayburt Üniversitesi’nde küresel dünyada yeni trend olan disiplinlerarası yüksek lisans ve doktora eğitimi verilecek.
2021-2022 Akademik Yılı itibariyle Bayburt Üniversitesi’ndeki tüm lisansüstü faaliyetler Lisansüstü Eğitim Enstitüsüne bağlı olarak sürdürülecek.